Metallist, спасибо за комментарии.
Искал в интернете методичку ВНИИ ВОДГЕО и нашел интересный документ.
http://www.ansdimat.com/download/protocol_test.pdf
Это протокол тестирования, где сравнивали результаты расчета по методичке и в других программах.
По нему получается, что с линейным водозаборами методика считает с ошибкой (см. пример 2 в приложении к документу).
Также я не нашел в методичке, как при линейном водозаборе учесть влияние (гидродинамическое возмущение) от скважины на другом объекте, которая находится по соседству.
Вообще, у кого-нибудь есть опыт работы с программой, которая указана в протоколе (AMWELLS)? Вот её сайт http://ansdimat.com/ru/amwells.shtml
Может у кого есть дистрибутив, чтобы можно было попробовать?