Да, по "имеющим значение" делают рыбники. Пошлете им запрос со списком объектов, а они вам пришлют ответ, что объекты значения не имеют, если ото действительно так. Ответ приложите в отчет. Да, нужно делать. Никто не регламентирует, так что кто как извратится тот и молодец. То что спросит экспертиза, зависит от ее блажи, в 99,9 из 100 она особыми познаниями в таком узком вопросе не владеет, так что ее все устроит. Право организовывать работы на свое усмотрение имеете, использовать территориальные данные тоже. Пристегните в составители отчета специалиста гидробиолога, лучше кандидатика и все будет хорошо. Его (ее) степень нужна для того чтобы откусаться от экспертизы, если она вас будет склонять к тому, что данный раздел должны выполнять специализированные организации, а в общем больше и не для чего.